Dnia 23 czerwca 1947 roku, decyzją wojewody dolnośląskiego kościół wraz z plebanią został oddany w zarząd i użytkowanie Duszpasterstwu Wojskowemu Rzymsko Katolickiemu Wojsk Bezpieczeństwa Wewnętrznego, w charakterze pomocniczego kościoła garnizonowego po czym 9 listopada 1948 roku, kościół i plebania przeszły w użytkowanie, i administrację Karmelitów Bosych. Następnie 1 stycznia 1966 roku, przy klasztorze Karmelitów otwarto nową parafę pod wezwaniem Opieki św. Józefa. (Klasztor jest położony w niewielkiej odległości od kościoła).
Dnia 18 grudnia 1977 r. po przeprowadzeniu gruntownej renowacji wnętrza i zewnętrznych elewacji kościoła, został on konsekrowany przez ks. Henryka Kardynała Gulbinowicza.
2002 r. w styczniu, po gruntownym remoncie wykonanym na skutek ciężkiej powodzi w lipcu 1997 r., ustanowiono kościół lokalnym sanktuarium Matki Bożej Miłosierdzia. Po szkodach wywołanych powodzią zmieniono wygląd prezbiterium, wymieniono posadzkę i ustawiono nowy wykonany z marmuru ołtarz, który został konsekrowany 16 czerwca 2002 r. przez Kardynała Henryka Gulbinowicza, ówczesnego Metropolitę wrocławskiego.
W świątyni tej, nasza wspólnota Wojowników Maryi we Wrocławiu spotyka się na modlitwach od około 2020 roku.